Measurement date December 11, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-05
Digitized points 35 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers, 9 Stimulus, 2 EOG, 1 ECG, 2 misc
Bad channels None
EOG channels EOG061, EOG062
ECG channels ECG063
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-05_task-localizer_proc-filt_raw.fif
Duration 00:04:35 (HH:MM:SS)
PSD
Measurement date December 11, 1911 00:00:00 GMT
Experimenter mne_anonymize
Participant sub-emptyroom
Digitized points 35 points
Good channels 204 Gradiometers, 102 Magnetometers
Bad channels None
EOG channels Not available
ECG channels Not available
Sampling frequency 250.00 Hz
Highpass 1.00 Hz
Lowpass 40.00 Hz
Filenames sub-05_task-noise_proc-filt_raw.fif
Duration 00:01:02 (HH:MM:SS)
PSD
Events
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline off
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
1 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
2 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
3 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
4 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
5 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
6 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
7 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
8 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
9 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
10 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
11 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
12 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
13 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
14 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
15 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
16 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
17 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
18 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
21 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
22 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
23 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
24 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
25 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
26 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
27 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
28 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
29 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
30 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
31 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
32 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
33 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
34 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
35 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
36 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
37 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
38 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
39 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
40 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
41 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
42 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
43 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
44 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
45 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
46 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
47 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
48 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
49 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
50 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
51 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
52 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
53 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
54 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
55 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
56 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
57 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
58 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
59 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
60 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
61 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
62 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
63 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
64 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
65 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
66 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
67 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
68 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
69 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
70 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
71 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
72 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
73 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
74 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
75 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
76 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
77 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
78 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
79 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
80 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
81 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
82 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
83 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
84 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
85 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
86 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
87 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
88 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
89 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
90 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
91 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
92 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
93 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
94 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
95 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
96 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
97 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
98 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
99 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
100 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
101 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
102 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
103 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
104 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
105 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
106 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
107 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
108 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
109 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
110 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
111 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
112 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
113 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
114 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
115 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
116 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
117 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
118 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
119 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Method picard
Fit 473 iterations on epochs (36120 samples)
ICA components 53
Explained variance 99.1 %
Available PCA components 306
Channel types mag, grad
ICA components marked for exclusion ICA006
ICA051
ICA052
Original and cleaned signal
ICA component topographies
Number of events 120
Events coherent/down: 30
coherent/up: 30
incoherent/down: 30
incoherent/up: 30
Time range -0.200 – 1.000 sec
Baseline -0.200 – 0.000 sec
Epoch # event_name coherent/down coherent/up incoherent/down incoherent/up
0 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
1 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
2 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
3 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
4 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
5 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
6 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
7 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
8 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
9 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
10 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
11 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
12 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
13 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
14 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
15 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
16 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
17 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
18 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
19 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
20 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
21 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
22 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
23 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
24 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
25 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
26 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
27 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
28 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
29 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
30 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
31 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
32 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
33 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
34 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
35 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
36 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
37 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
38 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
39 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
40 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
41 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
42 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
43 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
44 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
45 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
46 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
47 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
48 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
49 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
50 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
51 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
52 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
53 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
54 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
55 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
56 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
57 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
58 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
59 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
60 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
61 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
62 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
63 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
64 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
65 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
66 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
67 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
68 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
69 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
70 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
71 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
72 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
73 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
74 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
75 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
76 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
77 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
78 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
79 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
80 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
81 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
82 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
83 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
84 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
85 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
86 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
87 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
88 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
89 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
90 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
91 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
92 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
93 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
94 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
95 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
96 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
97 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
98 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
99 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
100 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
101 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
102 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
103 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
104 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
105 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
106 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
107 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
108 incoherent/up NaN NaN NaN 0.000
109 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
110 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
111 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
112 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
113 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
114 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
115 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
116 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN
117 coherent/down 0.000 NaN NaN NaN
118 incoherent/down NaN NaN 0.000 NaN
119 coherent/up NaN 0.000 NaN NaN

120 rows × 6 columns

ERF image (Magnetometers)
ERF image (Gradiometers)
No epochs exceeded the rejection thresholds. Nothing was dropped.
PSD
PSD calculated from 25 epochs (30.0 sec).
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Time course (Magnetometers)
Time course (Gradiometers)
Global field power
Whitened
Full-epochs Decoding
Each black dot represents the single cross-validation score. The red cross is the mean of all cross-validation scores. The dashed line is expected chance performance.
Decoding performance over time
Time-by-time decoding: 60 × incoherent ./. 60 × coherent
Sensor alignment
Average distance from 26 digitized points to head: 2.23 mm
Covariance matrix
Singular values
  """
hMT+ Localizer
"""
from mne_bids import get_entity_vals

study_name = 'ds003392'
bids_root = f'/storage/store2/data/{study_name}'
deriv_root = f'/storage/store2/derivatives/{study_name}/mne-bids-pipeline/'
subjects_dir = f'{bids_root}/derivatives/freesurfer/subjects'

# subjects = "all"
subjects = sorted(get_entity_vals(bids_root, entity_key='subject'))
exclude_subjects = ["06"]  # projs were applied during acquisition...
# subjects = sorted(list(set(subjects) - set(exclude_subjects)))
# subjects = ['01']
N_JOBS = len(subjects)
# N_JOBS = 1

task = 'localizer'
find_flat_channels_meg = True
find_noisy_channels_meg = True
use_maxwell_filter = True
ch_types = ['meg']

l_freq = 1.
h_freq = 40.
resample_sfreq = 250

# Artifact correction.
spatial_filter = 'ica'
ica_max_iterations = 500
ica_l_freq = 1.
ica_n_components = 0.99
ica_reject_components = 'auto'

# Epochs
epochs_tmin = -0.2
epochs_tmax = 1.0
baseline = (None, 0)

# Conditions / events to consider when epoching
conditions = ['coherent', 'incoherent']

# Decoding
decode = True
contrasts = [('incoherent', 'coherent')]

# Noise estimation
process_er = True
noise_cov = 'emptyroom'

on_error = "debug"

  Platform:         Linux-4.15.0-136-generic-x86_64-with-glibc2.27
Python:           3.9.9 | packaged by conda-forge | (main, Dec 20 2021, 02:41:03)  [GCC 9.4.0]
Executable:       /data/parietal/store/work/agramfor/mambaforge/bin/python3.9
CPU:              x86_64: 88 cores
Memory:           503.8 GB

mne:              1.1.1
numpy:            1.21.6 {blas=NO_ATLAS_INFO, lapack=lapack}
scipy:            1.8.1
matplotlib:       3.4.3 {backend=agg}

sklearn:          0.24.2
numba:            0.55.1
nibabel:          3.2.1
nilearn:          Not found
dipy:             Not found
cupy:             Not found
pandas:           1.3.3
pyvista:          0.32.1 {OpenGL 3.3 (Core Profile) Mesa 20.0.8 via llvmpipe (LLVM 10.0.0, 256 bits)}
pyvistaqt:        0.5.0
ipyvtklink:       Not found
vtk:              9.1.0
qtpy:             1.11.2 {PyQt5=5.12.9}
ipympl:           Not found
pyqtgraph:        Not found
pooch:            v1.6.0

mne_bids:         0.11.dev0
mne_nirs:         Not found
mne_features:     Not found
mne_qt_browser:   Not found
mne_connectivity: Not found
mne_icalabel:     Not found